Отец Иероним родился в 1934 году, селе Песочном Ярославской области. Храм в селе был уже закрыт, но Бориса с детства влекло в церковь. Ближайший храм находился в семи километрах от дома, в селе Дюдькове, туда и ходил он украдкой от родных и знакомых. У церкви была похоронена бабушка. И когда кто-либо спрашивал, куда он ходит, отвечал, что на могилку к бабушке. Приходя на службу, Борис становился сзади, у входа в храм, чтобы никто его не заметил. А причины скрываться были. Это было время официального атеизма и бескомпромиссной антицерковности. Родители Бориса боялись открывать свою веру. Его мать была учительницей. Она понимала, что, если узнают, что ее сын посещает храм, то ей не только угрожает увольнение с работы, но возможна и более серьезная расправа. Поэтому, когда она замечала, что сын украдкой ходил в Дюдьково, то причитала: «ты нас всех погубишь!».
Сейчас, по прошествии более полувека, у отца Иеронима наладились теплые отношения с клиром и прихожанами дюдьковского храма. Каждый год он приезжает на свою родину и особым трепетом совершает Божественную литургию в том месте, которое в его детстве было самым святым.
Уже юношей Борис ездил в районный центр – Рыбинск, где посещал Вознесенско-Георгиевский храм. Здесь он познакомился с его настоятелем – игуменом Максимом (в последствии – епископ Аргентинский и Южноамериканский, затем архиепископ Омский и Тюменский, Тульский и Белевский, Могилевский и Мстиславский). В этом храме Борис впервые стал алтарничать. Именно игумен Максим посоветовал поступать в Ленинградскую духовную семинарию и дал рекомендацию.
В семинарию Борис поступил в 1956 году. Это было время разгара «хрущевской церковной реформы». Руководитель советского государства задался целью покончить с Церковью и провозгласил идею «перестройки» церковной жизни. Она, как и все в хрущевской политике, была противопоставлена предыдущей сталинской эпохе, в конце которой советское государство осуществило некоторые послабления в своем открытом гонении на Церковь. Задачей новой политики стало предотвращение церковной проповеди в любом виде. Многие силы государства были брошены на то, чтобы отгородить Церковь от молодежи и тем самым подорвать ее подпитку новыми силами.
Руководство семинарии обязано было подавать сведения о поступивших в нее на учебу уполномоченному по делам религий, а тот направлял информацию о них в местные органы власти. Ведь это был их «недочет». В начале к родителям Бориса приходили люди из районного отделения комсомола, которые обещали, что если те настоят, чтобы сын покинул семинарию, то его определят в хороший ВУЗ, дадут путевки в санаторий. После этого в сельском клубе было устроено собрание, на котором произносились обличительные речи в адрес матери: «Позор такой учительнице! Мы доверяли ей своих детей, а она не смогла воспитать своего собственного сына!». Несколько позже семья переехала в Дубну, куда после окончания высшего образования в Институт атомных исследований был распределен старший брат Бориса. Бухгалтером в институт устроился и отец. Когда сюда дошли сведения о его младшем сыне, то также было созвано специальное собрание. На нем от Ильи Ивановича потребовали отречься от сына. Он отказался. На его защиту выступил академик Боголюбов, который пристыдил собравшихся: «Что же вы хотите: чтобы он, как Иван Грозный, убил сына?». Своей речью он смягчил обвинительный накал. Отцу вменили строгий выговор, а брату, который должен был поехать с командировкой в Польшу, был запрещен выезд за границу.
Но не таким суровым был семинарский период в жизни самого Бориса. Руководство духовных школ всеми возможными силами старалось оградить учащихся от нападок враждебного к ним государства. Учащиеся были окружены благородными и преданными своему служению преподавателями, большинство из которых были выпускниками дореволюционной Санкт-Петербургской духовной академии. Поэтому годы учебы отец Иероним вспоминает как самое светлое время своей жизни.
В первом классе ему довелось познакомиться с архимандритом Никодимом, который тогда заканчивал духовную академию. Вокруг архимандрита, который служил в Ярославской епархии, собирались семинаристы-ярославцы. (Одну из таких встреч запечатлело фото 1956 года). В 1960 году архимандрит Никодим был посвящен во епископа Подольского, а через некоторое время назначен правящим архиереем на Ярославскую и Ростовскую кафедру. Именно архиепископ Никодим и совершает в 1961 г. постриг, а затем и рукоположение окончившего семинарию Бориса Карпова. Для того времени это были настолько необычные события, что о них было сообщено в центральном церковном печатном органе – Журнале Московской Патриархии.
Знаменательно, что последовавшая вскоре священническая хиротония отца Иеронима состоялась 30 июля на память преподобного Саввы Сторожевского. Лишь позже ему стала понятно промыслительное значение этого дня.
Архиепископ Никодим назначил молодого иеромонаха настоятелем в Благовещенский храм Ярославля, но вскоре передумал, и со словами «у меня монахи должны быть образованные» благословил поступать в Ленинградскую духовную академию. Четыре года молодой пастырь проходил обучение в академии, а после ее окончания еще три года – в аспирантуре при Московской духовной академии, последние два года – заочно, поскольку он был назначен настоятелем Крестовоздвиженского собора г. Петрозаводска и благочинным Олонецкой епархии.