兹韦尼哥罗德圣母升天大教堂旁的石质圣主显灵教堂在2001年-2002年期间建成，坐落于其木质前身相同的地点。此木质教堂只存在了很短的时间。它是1893年9月-11月期间，用三个月的时间建成。

在《莫斯科教会公报》及《莫斯科专页》上有两篇文章提到关于圣主教堂12月30日的受洗（如此迅速地建成及受洗这个教堂的原因可以解释为人们希望1894年冬能在温暖的教堂里做礼拜）。大主教莫扎伊斯基·吉洪主持了受洗典礼。“大司祭神父，教堂堂长在受洗日所朗诵的关于圣餐诗的赞美之词，对上帝及捐助者的感谢之词，最好地表达了……东正教教徒心中对永生上帝教堂华饰的至死不渝的爱 ”

第一座显灵教堂只存在了30多年。后来在它的位置搭建了板棚，堆放着煤炭，甚至在圣坛的位置建起了厕所。

在2000年，人们出现了重建显圣教堂的想法。在修士大司祭伊耶隆尼担任教会会堂堂长期间，得益于慈善家的尽心资助，教堂于2001年-2002年期间建成并于2003年2月22日由萨维诺-斯塔洛雪夫斯基修道院副院长、修士大司祭费奥克蒂斯特主持受洗。